Digimon Adventure serisinin devamıdır. Aradan 3 yıl geçmiş tüm çocuklar büyümüştür. 3 yıl önce Digital Dünya'dan döndüklerinde açık kalan kapı çocukları geri çağırıyor...

Digital Dünya tehlikededir.
Eski çocuklar digimonlarından birer birer YARDIM çağırısı almaya başlamışlardır.Bu arada da Karilerin okulunda yeni bir öğretim yılı başlamıştır bu öğretim yılı Kari için çok farklı olacaktır çünkü çocukluk arkadaşı Takeru
Takashi 3 yıl önce annesi ile yurtdışına gitmiştir ve bu sene geriye dönmüş Karilerin sınıfında eğitime başlamıştır....

Digimonlardan gelen yardım çağırılarından ilk ulaşanı Taichi Kamiya'nın digimonu Agumondandır ve tehlikede olduğunu söyleyerek Taiden yardım ister bunun üzerine Digital Dünyaya giden Tai kardeşi Kariyide yanına çağırır Kari ve Takeru Digital Dünyaya gitmek üzere iken Karilerin sınıfında ona aşık olan Daisukeninde onların peşinden geldiğini görürler.

KAri ve Takeru Digital Dünyaya geçmek için Kushiro(Izyy)den yardım ister ve Bilgisayar sınıfına giderler yolda Daisukenin eline bir Digi Dönüştürücü düşer.Fakat sadece Daisukeye değil Daisuke ile birlikte ondan 1sınıf büyük ve 2 sınıf küçük bir çocuk olan Miyakoyla Ioriyede düşer...Bu çocuklar yeni seçilmişlerdir ve artık göreve hazılardır.

Digital Dünyaya gitiklerinde Daisukenin ilk bölümde Miyako ve Iorininde 2.bölümde birer digimonu olur...
Artık Digital Dünyaya yapılan saldırıları engelelmek için savaşacak olan Kari,Takeru,Daisuke,Miyako ve Iori her geçen gün düşmanlarının bir insan olduğunu ve onlara çok yakın olduğunu öğrenirler...