21 yüzyılda, efsanevi Gılgamış Destanının kahramanı, Uruk Kralı Gılgamış'ın mezarı arkeologlar tarafından bulunur. Başlatılan bir dizi araştırmanın sonucunda doğaüstü güçleri barındırabileceği sonucuna varılan mezarın üzerine bir araştırma tesisi kurulur. Dünyanın en önemli bilimadamları insanlığa çağ atlatabilecek çalışmalara imza atmak üzere Cennet Kapısı adı verilen araştırma tesisine akın ederler.

Ancak, söz konusu araştırma tesisini hedef alan bir terörist saldırı beklenmedik boyutlarda bir felakete yol açar. Saldırı tüm tesisi yok ederken dünyanın etrafında elektromanyetik bir perde oluşmasına neden olur. Elektrik ile çalışan tüm gereçler sonsuza kadar susarken, dünya büyük bir kaosa doğru sürüklenir. Saldırının ve neden olduğu bu doğaüstü tepkinin meydana geldiği vaka Twin X olarak adlandırılır.

Twin X faciyasının meydana geldiği tarihten yıllar sonra doğaüstü güçlere sahip bazı insanlar yeryüzünde dolaşmaya ve güçleri ile çevrelerindeki gerçekliği değiştirmeye başlarlar. Hikaye, benzer güçlere sahip Kiyoko ve Tatsuya isimli iki kardeşin hayatta kalma mücadeleleri ile zamanla yüzleşecekleri gerçekler ve geçmişleri üzerine odaklanır.