Dünya gezegeni, denizin dibinden çıkarak gezegenin yüzeyinde rasgele dolaşmaya başlayan devasa yaratıklar tarfından istilaya uğrar. Aralarında kral olarak nitelendirilebilecek olansa Godzilla'dır. Yarım asır boyunca bu yaratıklar hem birbirleriyle hem insanlarla vahşi savaşlara tutuşur. Bu mücadelede rekabet etmekte aciz kalan insanlık, yuvası olan gezegenden ayrılmak için hazırlıklara başlar. 2048 yılında merkezi hükûmetin yapay zeka altyapısının seçtiği bir grup insan, yıldızlar arası göç gemisi Aratrum ile 11,9 ışıkyılı uzaklıktaki Balina takımyıldızında bir gezegene, Tau-e'ye doğru yola çıkar. Ne var ki insanoğlunun mirasçısıları 20 yıllık uzay yolculuğunun ardından hedeflerine ulaştıklarında Tau-e gezegenindeki çevresel koşulların hiç de öngörüldüğü gibi olmadığı ortaya çıkar. Gezegen insanların yaşaması için elverişli değildir.
Göç gemisinin yolcularından Haruo adındaki bir genç 4 yaşındayken ailesinin gözleri önünde Godzilla tarafından katledilişine şahit olmuştur. O gün bu gündür Dünya'ya dönmekten ve Godzilla'yı yenmekten başka bir şey düşünmez olmuştur. Göç planının suya düşmesiyle Haruo ve diğer mürettebat, geminin bu kadar uzun bir yolculuk için elverişsiz ve riskli koşullarda olmasına rağmen "Dünya'ya dönüş" yönünde karar alınmasına öncülük eder.
Aratrum, bir şekilde dönüş yolculuğunu tek parça hâlinde atlatmayı başarır. Ancak döndükleri evleri artık bir uzaylı gezegenine dönüşmüştür. 20.000 yıllık bir süre geçmiş ve besin zincirinin tepesinde Godzilla'nın olduğu yeni bir ekosistem oluşmuştur. İnsanoğlu anavatanını geri almak konusunda, Haruo ise ailesinin intikamını almakta başarılı olabilecek midir?