Karasumori malikânesindeki yüksek ruhsal enerji, bir takım gizli
şeyleri ve akıl almaz fenomenleri malikâneye çekmektedir. Bu sıkıntılar
yüzünden Ayakashi yok etme uzmanı Hazama Tokmori çağrılır (Ayakashi, kötü ruhlara verilen isimdir). Hazama bu işe devam ettikçe ona Kekkaishi denmeye başlanır.

Karasumori ailesi kendilerini korumak için büyük bir enerji kabuğu
oluşturur ama korumak şöyle dursun, bu enerji Ayakashi'leri başka bir
şeye dönüşebilen canavarlar haline getirir. Bundan sonra Ayaskahi’ler
insanlara zarar vermeye başlarlar. Bunlarla artık baş edemeyen
Kekkaishi de yorgunluktan ve ağır hastalık yüzünden dört gün boyunca
yatar. Dördüncü günün sabahı ise vefat eder. Malikâneyi gelişmiş
Ayakashiler doldurur ve artık orada insanlar yaşayamaz hale gelir.

Yıllar sonra Ayakashiler gidince insanlar buraya tekrar yerleşir ve
Karasumori Akademisi’ni kurarlar. Ama Ayaskah’leri dönüştüren
Karasumori ailesinin enerji kabuğu hala akademinin altındadır. Oraya
gelecek olan Ayashileri temizleme işi Kekkaishi'nin torunu Sumumira ve
Yukimura'lardan Tokine'ye düşmektedir.

Tokine 16 yaşında lise öğrencisi bir kız, Yoshimori ise 14 yaşında
ortaokul öğrencisi bir erkektir. İkisi de Karasumori Akademisi'nde
okumaktadır. Gündüzleri Ayakashi’ler ortaya çıkmadığından okulda sorun
yoktur ancak Karasumori'yi ele geçirmek isteyen Kokubouro denilen güçlü
bir Ayakashi grubu Yoshimori ve Tokine'in başına çok iş açacaktır.