2196 yılında insanlık Jupiter'den gelen bir saldırı filosunun tehdidi altında kalır dahası insanlığın o zamana kadarki en büyük armadası bu tek filoya zarar dahi veremez.İlk saldırı dalgası insanlığın Mars kolonilerinin yokedilmesi ile sonuçlanır.

Özel bir şirket olan Nergal, ikinci saldırı dalgasının gelişinden önce kuantum teknolojisi ve anti madde reaktörü kullanan yeni tip bir savaş gemisi hazırlar ve personelini sivillerden oluşturur. Herbiri biri diğeriyle alakasız bu personele Dünya Federasyonu amirali Koichiro Misumaru'nın kızı Yurika Misumaru kaptanlık edecektir. Olaylar Nadesico'nun kalkışa arifesinde başlarken hikayemizin ana karakteri Akito Tenkawa ise bu olaylar olana dek huzurlu bir yaşam dışında hiçbir beklentisi kalmamış bir ahçı yamağıdır. Mars kolonilerinde bundan birkaç yıl önce şahit olduğu soykırım kişiliğinde büyük bir travma oluşturmuştur ve hayatının bu dönemine dair çoğu anıyı artık net hatırlamamaktadır ve Jovian Sürüngenleri adı takılan bu robot ordusunun saldırısıyla ölenleri çok uzaktan hissedip onların acısıyla şoka girebilmektedir.