Gelecek bir zamanda dünya yaşanamaz hale gelmiştir ve insanlar "Tenjou" denilen başka bir gezegende yaşamaya başlamıştır. Bilinmeyen bir sebepten dolayı insanlar dünyaya geri dönmek zorunda kalırlar. Fakat dünyanın sadece "Shinshu" denilen küçük bir bölgesi yaşamaya müsaittir.

Dünyada alternatif bir boyut oluşturulur ve insanların bir kısmı burada yaşamaya başlar. Aynı zamanda Tenjou'ya geri dönebilmek için "Testament" adlı kutsal kitapta yazdığı şekilde insanlık tarihini yeniden yaşamaya başlarlar.

1413 yılına gelindiğinde alternatif boyut ülkeleri Shinshu bölgesini istila eder ve bölgede yaşayanları oradan çıkartırlar. 1648 yılına Testament'da tarihin devamı yazmadığı görülür ve ülkeler kendi tahminlerine göre tarihi devam ettirmek için savaşmaya başlarlar.

Bu arada Shinshu bölgesinden sürgün edilenler bölgenin çevresinde gezinen Musashi adlı bir gemi içerisinde yaşamaktadırlar. Musashi'de savaş eğitimi alan Tori Aoi ve arkadaşları dünyada yaşanan kaos ortamından faydalanarak Shinshu bölgesini istilacılardan geri almaya çalışacaklardır.