Dünya nüfusunun aşırı artışı ve kaynakların azalması gibi sebeplerden ötürü dünya ülkeleri 20yy'in sonlarına doğru uzayda kolonileşme çalışmalarına başlarlar. "Side" adı verilen kolonilerin kuruluşundan 70 yıl kadar sonra uzay kolonilerinde yaşayan ve bağımsızlık yanlısı Side 3 grupları Zeon adlı bir Cumhuriyet adı altında birleşirler. Dünya Federasyon'u Zeon'a karşı uyguladığı zorba politikalar Zeon'un giderek fanatik bir diktatörlük rejimine dönüşmesine sebep olur. Dünya insanlarını uzayda yaşamaya mecbur kılmak isteyen Zeon rejimi kitle imha silahları ve "Mobile Suit" adı verilen yeni nesil savaş makineleri üretip Federasyon'a karşı kullanarak Dünya'yı Zeon'un karşısında diz çöktürtmeyi planlamaktadır.

Yapılan ilk savaş her iki tarafın da kullandığı kitle imha yöntemleri yüzünden her iki tarafın da mutlak ortadan kalkmasının eşiğine gelmesine sebep olur. Her iki grup da tükenmiş, dünya iklimi büyük ölçüde zarar görmüştür. Her iki taraf da Antarktika'da imzaladıkları bir anlaşma ile geçici bir süre ateşkesi tanımayı kabul eder. Aradan geçen yaklaşık 7 ay sonra Federasyon uzaydaki Side 7'de gizlice yeni nesil MobileSuit projeleri olan RX–78-2 Gundam'ı test etmeye hazırlanmaktadır.

Zeon ordusun seçkin subaylarından Binbaşı Char Aznable, Federasyon’un bu gizli projesini haber almıştır ve 18 Eylül 0079 sabahı birkaç MS'ini bu projenin durumu hakkında gözlemleme yapmak üzere gizlice koloniye gönderir. Düne kadar kolonideki sıradan bir genç olan Amuro Ray'in kolonideki karışıklık üzerine tesislere girmesi ve Federasyon'un gizli silahı Gundam'ı çalıştırması üzerine 7 ay süren ateşkes sona erer ve bu olayın tetiklediği zincirleme gelişmelerle milyonlarca kişinin yaşamına mal olacak "1 Yıl Savaşı" yeniden başlar.

Şimdi Amuro Ray, yaşadığı koloninin yokolması ile zoraki bir parçası haline geldiği Federasyon savaş gemisi "White Base" mürettebatıyla birlikte Zeon diktatörlüğünün yayılmacılığına karşı verilecek savaşın bir parçası olmak zorundadır.