Kidou Senshi Gundam Unicorn, aynı adlı roman serisinin Şubat 2010'dan itibaren OVA formatında Anime'ye aktarılmaya başlanan adaptasyonudur. Gundam Unicorn'un hikayesi Kidou Senshi Gundam: Gyakushuu no Char'dan 3 yıl kadar sonra geçmektedir. Hikaye, aynı zamanda UC'nin başlangıcıyla yaşıt bir dizi sırrı da gün yüzüne çıkartıyor.

UC 0093'deki Axis'in dünyaya düşürülmesi girişimi ile biten 2. Neo Zeon savaşı sonrasında son düzenli Neo Zeon birlikleri dağıtılmıştır, yada en azından öyle sanılmaktadır. Ortaya çıkar çıkmaz Char Aznable'nin geri döndüğü söylentilerinin patlak vermesine sebep olan ve Full Frontal ismiyle çağrılan esrarengiz komutanlarının yarattığı etkiyle, UC 0094'de The Sleeves (Sotsugeki) ismi altında gizli bir anti-Federasyon organizasyonu kurarlar: Neo Zeon savaşları sırasında kullanılamayan yeni nesil MS'leri bulup kendi safına toplamaya ve en küçük kar için herşeyi yapabilecek birkaç askeri şirket sayesinde bunları gizlice modernize etmeye başlarlar.

Sotsugeki'nin en güçlü silahı ilk Neo Zeon savaşında kullanılan NZ-000 Quin Mantha'nın geliştirilmiş bir diğeri modeli NZ-666 Kshatriya'dır. Bu canavar teorik olarak Quin Mantha'nın tüm üstün özelliklerine ve buna ek olarak Psycoframe sistemine sahip üstün bir silahtır.

Güç dengesinin diğer tarafındaysa Vist Foundation vakfı bulunmaktadır: Vakfın kurucusu Siam Vist, Güney Asya doğumlu ve uzaya kolonileştirme projesi sırasında yurdunu kaybetmiş bir ailenin üyesidir. Terörist bir örgüte katıldığı ve bizzat ilk uzay kolonisini bombalamaya bizzat katıldığı bir eylemin de yeraldığı karanlık bir geçmişin ardından Siam, daha sonradan sahip olduğu yüksek finansal ve teknolojik gücü, geçmişte ailesine zarar verdiğine inandığı Federasyon'a karşı bir güç olarak kullanmaya karar verir ve bunun için esrarengiz Laplace kasasının da gizliliğini koruyacak misyon olarak Vist Foundation vakfını kurar. 60'lı yaşlardaki Cardias Vist ise UC 0096'de vakfın başındaki kişidir. Ailesinin bu amacını devam ettirmeye kararlı, sinsi ve bu amaca yönelik çıkarlar sözkonusu olduğunda herşeyi yapabilecek kadar duygusuz bir liderdir.

Vist Foundation'un gizli projesi olarak üretilen RX-0, "NT-D" olarak da bilinen, bir Newtype'in tepkilerinin dijital hale getirilerek hafızasına yüklendiği 3. nesil düşünebilen bir bilgisayara ("Laplace Program") sahip deneysel bir MS'dir ve aslen Laplace Kasası'nın muhafızıdır: Sadece özel durumlarla aktive edilebilen ve BioSensor sisteminin ileri bir devamı olan Laplace Program "Destroy Mode" aktivasyonuyla ortamdaki Psycommu partiküllerini maksimuma çıkartıp Laplace Kasası'nda yoğunlaştırır. Bu sayede RX-0 -Sadece 5 dakikalığına da olsa- gerek enerji gerekse saldırı gücü olarak çok yüksek üst limitlere ulaşabilir, Psychoframe'leri manipüle edebilir ve pilotunun fizyolojisini feedback durumunda tutabilir: RX-0'ın bu gücünün sırrı olan Laplace Kasası'nın nerede tutulduğu ve içinde neyi gizlediği ise ölümcül bir sır olarak gizli tutulmuştur.

UC 0096'de Federasyon kuvvetleri artık savaşın bittiğini düşünmektedir. Ta ki, Full Frontal, Vist Vakfının kendi gizli amaçları için ürettiği ve ortadan kaybolan RX-93 Nu Gundam sonrası hayata geçirilebilen ilk gerçek yeni nesil MS geliştirme projesi olan RX-0 Gundam Unicorn'un ve Laplace Kasası'nın varlığından haberdar olana, Kasa'nın potansiyelini serbest bırakarak Federasyon'u tümüyle ortadan kaldıracak bir yıkım için yeni bir ayrılıkçı hareket başlatana kadar. Öte yandan Federasyon içindeki otonom bir grup olan ve aslında Zeon kalıntılarını avlamakla görevli olması gerekli ECOAS ("Manhunter Group" ismiyle de bilinirler) özel görev gücünün de bu projeden haberdar olması, onların da kendi gizli amaçlarına -Laplace kasasının açılmasını önlemek- start vermelerine sebep olur.

Tüm bunlar olurken hikâyemizin merkezindeki karakter olan Barnarge Links, endüstriyel ağır sanayi kolonisi "Industrial 7" bölgesinde kurulu Anaheim Teknik Lisesi'nde yatılı öğrenci olarak kalmakta ve yarı zamanlı iş olarak da uzay yıkıntısı enkazlarını toplamak gibi rutin bir hayatı yaşamaktadır. Yıllar önce geride kalan savaştan ve izole bir yaşam sürdüğü yanlız hayatına sebep olan ailesinden nefret eden Links'in tekdüze günlerini, karşılaştığı bir kız sonsuza dek değiştirir: Audrey Burn adlı bu kız aslında Sotsugeki'nin planları için seçtiği bir kişidir ve Federasyon için fazlasıyla tehlikeli bir geçmişi vardır.

Olaylar Sotsugeki üyelerinin bir kargo gemisi görünümünde koloniye gelip Cardeas Vist ile pazarlık yapmaları ve bu sırada Federasyon birlikleri ile sıcak çatışma yaşanması ile başlar. Barnarge ise aniden yeniden patlak veren savaşın ortasında kalır ve geçmişi hakkında önemli gerçekleri öğrenir: İçinde "insanlığın en büyük sırrının barındığını" öğrendiği RX-0 ile yeniden başlayan savaşın tam ortasında ortaya çıkar. Olayların bir kez patlak vermesi ile ilk mürettebatı 7 yıldır sürgünde olan savaş gemisi Nahal Argama yeni mürettebatıyla bu olayı tamamen bitirmek için yeniden göreve gönderilecek ve ECOAS birlikleri de kendi amaçları için olaya karışacaktır.