TV Serisinde Yaşanan Olaylardan 32 Yıl Sonrasını Anlatmaktadır. TV Serisinin Devamı Niteliğindeki Shining Heresy OVAsı ile Phantom Arc OVAsı Arasında Geçen Zaman Dilimini Konu Edinmektedir. Önceki Hikayeyi bilmeyenler İçin Spoiler İçermektedir.

Gilgamesh ve Balarant arasındaki kırılgan ateşkesin sürdüğü zamanlar. Hangi ordudan olursa olsun, galaksideki tüm savaşçıların kutsal saydığı Allegium Topraklarında meydana gelen olaydan sonra Martial Tarikatı büyük bir kaosun içine düşmüştür. Tarikata bağlı Nextant denen bio-mekanik savaşçılar ise artık gözden düşmüş, onlara destek sağlayan kurumlarda bir bir kapatılmaktadır.

Bu karmaşa dolu günlerde Gotho, Kummenli bir dostunun tavsiyesi üzerine gıda ticaretine girerek yüklüce para kazanmış ve bir bakıma evlatlarıda diyebileceğimiz Coconna-Vanilla çifti de, çocuklarıyla berabar işlerine yardım etmekte, hep beraber, Gluphae şehrinde, huzurluca bir hayat sürmektedirler.

Coconna-Vanilla çiftinin büyük kızları Stevia, serbest ticaret istasyonundaki halden malzeme alacağı yerde, oturdukları şehre gönderilmesi için bir konteynır dolusu Z.P. ve cephane teslim alır. Barışçıl bir şehrin ihtiyacı olmayan bu kargo oldukça endişe vericidir. Tehlike alarmının çalmasıyla telaşa düşen genç kız durumu Gotho'ya haber verir. Durumu gözden geçiren büyükbaba ise elindeki kargodan çok daha tehlikelisiyle karşı karşıya olduğunu söyler...