16. yüzyıl… Avrupa’dan birçok gemi, yeni dünyayı fethetmek için batıya, Amerika’ya doğru yola çıkar. Bu bilinmeyen topraklarda, Avrupa’nın birçok ülkesinden gelen insanlar, kendileri için yeni bir şans, yeni topraklar, kayıp medeniyetler ve yeni maceralar arar. Fakat herkesin peşinde olduğu aslında El Dorado ve altın şehirlerin sırrıdır.

Yıl 1532, Barselona, İspanya… 12 yaşındaki Estaban, bir yetimdir ve bebekliğinden beri ona Rahip Rodriguez bakmıştır. Rahip Rodriguez ile birlikte Katedralde yaşayan Estaban’ı şehirdekiler “Güneşin Oğlu” olarak çağırmaktadır. Yine yağmurlu bir günde, herkes Esteban’ı aramaktadır. Uzun bir koşuşturmanın ardından yakalanan Esteban, tören için hazırlanır ve güneşin tekrar ortaya çıkması için yüksek bir yere çıkartılır. Esteban, ne kadar karşı çıkarsa çıksın bulutlar dağılır ve güneş ortaya çıkar.

Bu sırada ölüm döşeğindeki rahip Rodriguez, Estaban’ı konuşmak için yanına çağırttırır. Esteban’a, son nefesini vermeden önce, onun 12 sene önce, okyanustaki bir fırtınada kurtarıldığını ve diğer çocuklardan farklı olduğunu söyler. Tüm bunları dinleyen Mendoza, Esteban’a; onu 12 yıl önce kurtaranın kendisi olduğunu söyler, kanıt olarak da Esteban’ın boynundaki madalyonun yarısını gösterir. Mendoza, Esteban’a; onun El Dorado’dan geldiğini ve babasının hala hayatta olabileceğini söyleyerek onu, babasını bulmak için yeni dünyaya doğru yol alacak gemisi “Esperanza”ya davet eder.

Rahip Rodriguez de öldükten sonra onu, bu şehirde tutacak bir şey olmadığından Esteban, Mendoza’nın teklifini kabul eder. Mendoza’nın gizlice gemiye soktuğu Esteban, gemide Mendoza tarafından kaçırılmış ve boynunda kendi madalyonuna benzeyen bir madalyon taşıyan genç bir kız olan Zia ile tanışır. Esteban, tıpkı kendisi gibi babasını arayan Zia ile yakın arkadaş olur.

Zia ve Esteban, bir süre sonra, bir adada tanıştıkları, kayıp bir medeniyet olan Mu Krallığının soyundan gelen Tao ile dost olurlar ve üçü birlikte güneşin battığı yere; gizemli altın şehirlere doğru yolculuklarına devam ederler.